Основните секрети, които се произвеждат от храносмилателните жлези са белтъците, голяма част от които са ензими.

Във всички храносмилателни сокове се съдържа и муцин, който примесен с храната й придава лигава консистенция и я прави не само по-подходяща за придвижване и поглъщане, но също така предпазва лигавицата на стомаха и червата от смилащото действие на ензимите. Муцинът неотрализира киселия стомашен сок. Неорганичните съставки на храносмилателните сокове са предимно соли на неорганичните киселини. От концентрацията на отделящата се в стомаха солна киселина зависи pH на соковете и на съдържимото в различните отдели на храносмилателния тракт.

Процесът на ензимно разграждане започва още в устната кухина и продължава до края на тънките черва. В слюнката се съдържат няколко ензима, който влияят върху протеините, въглехидратите и липидите. Стомашният сок също съдържа ензими, влияещи на въглехидратите и липидите. Главният ензим, който преобладава в стомашния сок и определя неговата разграждаща способност, е пепсинът, който атакува белтъците. С понятието пепсин се означава група от ензими - пепсин, пепсин B, гастриксин, ренин и др. Те разграждат белтъците до албумози и пептони. При различно съчетание на тези пепсини се получава адаптация към едни или други белтъци. В дванадесетопръстното черво се изливат соковете на панкреаса, които действат на всички съставни части на храната. В дванадесетопръстника се изливат соковете и на жлъчката. Те усилват действието на трипсина и амилазата. В дванадесетопръстника започва действието и на чревните ензими, които се отделят по цялата дължина на тънките черва.

За разлика от устата, стомаха и дебелите черва, където разграждането е единствено в кухината на съответния орган, в тънките черва смилането е два вида: кухинно - в лумена на съответното черво и пристенно - върху повърхността на чревния епител.